Hitapípur hafa nokkrar grunntakmarkanir í eðli sínu:
1. Takmörkun hitaflutningsgetu:Hitapípur gætu ekki hentað fyrir háa orkunotkun vegna takmarkaðrar getu þeirra til að flytja varma. Slíkar aðstæður gætu kallað á frekari kælikerfi.
2. Stefna næmi:Hitapípur eru viðkvæmar fyrir stefnu þeirra. Þeir virka kannski ekki á skilvirkan hátt þegar þeir eru ranglega staðsettir.
3. Næmi umhverfisþátta:Hitapípur eru einnig mjög viðkvæmar fyrir umhverfisþáttum eins og þrýstingi og hitastigi sem geta haft áhrif á frammistöðu þeirra.
4. Takmarkað hitastig:Hitapípur hafa takmarkað hitastig sem þær virka á áhrifaríkan hátt yfir. Utan þessa sviðs getur frammistaða þeirra rýrnað.
5. Takmarkað samhæfni við uppbyggingu wicks:Notkun þeirra getur verið takmörkuð í sumum tilfellum vegna takmarkana á gerðum wick mannvirkja sem virka með hitapípum.
6. Framleiðsla flókið:Hitapípur eru kannski ekki mikið notaðar í sumum atvinnugreinum vegna þess hve erfitt er að framleiða þær.